在醫學中，副作用（英語：side effect）是指藥品往往有多種作用，作用於不同身體部位受體，治療時利用其一種或一部分受體作用，其他作用或是受體產生作用即變成為副作用。雖然副作用一詞常被用來形容 不良反应 (医学)，但事實上副作用也可以指那些「有益處、意料之外」的效果。
有時候，一些藥物的副作用反而成為醫生處方那些藥物的目的；在這種情況下，那些藥物的副作用不再是副作用，反而是藥物的主作用了。 例如：X輻射線/X光一直被用做醫學影像用途，人們原本把它的輻射線對人體產生的效果當成是副作用。但自從人們發現X輻射線/X光能夠用來治療腫瘤後，輻射線被應用為放射線療法。在醫學影像領域中被當成副作用的輻射線效果，在癌症治療上反而成了消滅贅生物的正作用了。