鞭毛(flagellum)是很多单細胞生物和一些多細胞生物細胞表面像鞭子一樣的細胞器,用於運動及其它一些功能。
一个微生物可能有一个到多个鞭毛。在三个域中,鞭毛的結構各不相同。細菌的鞭毛是螺旋狀的纖維,像螺絲一樣旋轉,属于生命系统中的旋转运动。古菌的鞭毛表面上和細菌的類似,但很多細節不同,和細菌的鞭毛可能也不是同源的。真核生物,比如動物、植物、原生生物細胞的鞭毛是細胞表面結構複雜的突出物,像鞭子一樣來回抽打。
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